Επιδιώκοντας τη συμμετοχή του σε δίκτυα συνεργασιών με βάση το αμοιβαίο συμφέρον, το Διοικητικό Συμβούλιο του Ε.Φ.Ε.Τ. επικύρωσε έναν τέτοιο σημαντικό δίαυλο συνεργασίας με το Γενικό Χημείο του Κράτους (Γ.Χ.Κ.) του Υπουργείου Υγείας της Κύπρου μέσω της υπογραφής πρωτοκόλλου συνεργασίας ανάμεσα στις δύο υπηρεσίες.
Σημαντικά κίνητρα που οδήγησαν στη συγκεκριμένη πρωτοβουλία είναι η ύπαρξη κοινού πεδίου επιστημονικού και ερευνητικού ενδιαφέροντοςμεταξύ Ε.Φ.Ε.Τ. και Γ.Χ.Κ. της Κύπρου μαζί με την επιθυμία και τη δυνατότητα για την ανάπτυξη και προαγωγή της τεχνολογικής και επιστημονικής συνεργασίας ανάμεσα στους δύο φορείς. Παράλληλα, είναι κοινός στόχος η ενδυνάμωση της δικτύωσης, της επιστημονικής έρευνας για τη διαμόρφωση πολιτικών διατροφής και ασφάλειας τροφίμων καθώς και η προστασία των συμφερόντων των καταναλωτών.
Μέσω αυτού του πρωτοκόλλου συνεργασίας ενισχύεται η κοινή συνεργασία σε θέματα αξιολόγησης και επικοινωνίας της επικινδυνότητας που απορρέει από τη συμμετοχή των δύο φορέων στα ευρύτερα δίκτυα των Εστιακών Σημείων της Ευρωπαϊκής Αρχής Ασφάλειας Τροφίμων (EFSA) και των Σημείων Επαφής για το «Σύστημα Ταχείας Ειδοποίησης για τα Τρόφιμα και τις Ζωοτροφές» (RASFF). Με την υλοποίηση του πρωτοκόλλου γίνεται, επίσης, εξοικονόμηση πόρων μέσω της αξιοποίησης τεχνογνωσίας από τις δύο πλευρές στους τομείς της αξιολόγησης επικινδυνότητας χημικών και βιολογικών κινδύνων και της ταυτοποίησης και αυθεντικότητας των τροφίμων. Η ανταλλαγή επιστημονικών πληροφοριών και στοιχείων, εκπαιδευτικού υλικού, δημοσιευμάτων, τεχνογνωσίας, δεδομένων σε συναφή με τις δραστηριότητες των δύο υπηρεσιών θέματα, η κοινή διεξαγωγή συνεδρίων, σεμιναρίων και επιμορφωτικών διαλέξεων μπορεί να συμβάλλει στην αποτελεσματικότερη διαχείριση ζητημάτων που άπτονται των αρμοδιοτήτων των δύο συμβαλλόμενων μερών. Ιδιαίτερα επωφελής κρίνεται η προοπτική κοινής υποβολής προτάσεων σε ερευνητικά προγράμματα ως εργαλείο συνεργασίας των δύο φορέων στον τομέα της έρευνας, προαγωγής επιστημονικών θεμάτων και απόκτησης τεχνογνωσίας με παράλληλη προβολή του έργου των δύο φορέων.