Αρχαιολογικός χώρος κηρύχθηκε με ομόφωνη γνωμοδότηση του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου ολόκληρη η Μακρόνησος, ύστερα από πρόταση της Εφορείας Αρχαιοτήτων Κυκλάδων, που διεξάγει στο νησί τα τελευταία χρόνια έρευνες πεδίου.
Υπενθυμίζεται εδώ ότι στις αρχές του περασμένου μήνα, το υπουργείο Πολιτισμού ενέκρινε τους όρους για την αποκατάσταση και τη βελτίωση λιμενικών και οδικών υποδομών σε Μακρόνησο αλλά και Γυάρο. Οι σχετικές αποφάσεις του υπουργείου Πολιτισμού προβλέπουν, μεταξύ άλλων για τη Μακρόνησο όρους για την τελική διαμόρφωση του προβλήτα, των υφιστάμενων παλαιών κτισμάτων που θα πρέπει να συμπεριληφθούν στο γενικό σχέδιο αξιοποίησης του ιστορικού τόπου, ενώ όλες οι εργασίες θα πρέπει να πραγματοποιηθούν υπό την επίβλεψη αρχαιολόγων.
Η Μακρόνησος, γνωστή ως πεδίο δραματικών στιγμών της σύγχρονης ελληνικής ιστορίας, προστατεύεται από την ελληνική πολιτεία ήδη από το 1989, όταν κηρύχθηκε εξ ολοκλήρου ως ιστορικός τόπος, ενώ τα κατάλοιπα των στρατοπέδων του νησιού κηρύχθηκαν αυτομάτως ως διατηρητέα κτήρια (ΦΕΚ 436/Β/1989). Επιπροσθέτως, για την προστασία των καταλοίπων της σύγχρονης ιστορίας θεσμοθετήθηκαν από το 1995 ειδικές χρήσεις γης (ΦΕΚ 895/Δ/1995).
Το Υπουργείο Πολιτισμού και Αθλητισμού δεν σταμάτησε εκεί. Μετά από εκτεταμένες έρευνες της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων οριοθετήθηκαν και κηρύχθηκαν το 2015 στην περιοχή της Μακρονήσου πέντε αρχαία ναυάγια που χρονολογούνται από τη μέση ελληνιστική έως και τις αρχές της υστερορρωμαϊκής περιόδου(ΦΕΚ 269/Β/2015).